西安地铁三号线运行65分钟。

三号线开通初期分工作日与非工作日两套时刻表，分别根据客流特征设置高、中、低等峰期，遇重大活动、节假日、恶劣天气等，根据客流预测对不同峰期下的运能进行配置。
工作日计划上线29+1列，备用2列，非工作日计划上线27+1列，备用2列；列车单程（鱼化寨—保税区）运行时间为65分；运营时间拟定为6：00—23：00，时长17小时。
鱼化寨站首班车6：10，末班车23：00；保税区站首班车6：00，末班车22：40。